La Auditoría Superior del Estado de Jalisco, de acuerdo con artículo 5° de su propio Reglamento Interno, conduce sus actividades en forma programada y conforme a las políticas que, para el logro de los objetivos institucionales, establezca el Auditor Superior del Estado de Jalisco.

En concordancia con lo anterior, el Programa Anual de Actividades y Auditorías de la Auditoría Superior del Estado de Jalisco es el instrumento de planeación aprobado por el Auditor Superior, el cual contiene los objetivos y metas concretas a desarrollar en el corto plazo, estructurado en proyectos y procesos específicos de las unidades administrativas que la conforman durante un periodo de doce meses, e incluye el cronograma de los procesos de auditoría establecidos en el marco de las fechas de recepción de las cuentas púbicas de los entes fiscalizables con base en la Ley de Fiscalización Superior y Rendición de Cuentas del Estado de Jalisco y sus Municipios.